Iki restauravimo pradžios Sinagoga stovėjo be stogo ir rytinės sienos, jos vidus smarkiai drėko, nepažeistas buvo likęs vos ketvirtis interjero. Vis dėlto šios bėdos jau praeityje – avarijos grėsmė pašalinta, Sinagoga restauruota jau prieš kurį laiką iš Europos ekonominės erdvės (toliau - EEE) ir Norvegijos finansinio mechanizmo lėšų, o šiandien baigtas ir salės interjero restauravimas. Jam iš viso buvo skirti beveik 330 tūkst. litų: apie 230 tūkst. litų skirti iš Kultūros paveldo departamento (toliau - Departamento) Paveldotvarkos programos, likusias lėšas pridėjo Joniškio r. savivaldybė.

Darbų metu pagal ikonografinę medžiagą restauruotos lubos, atkurtas sienų tinkas, sienų ir lubų dekoras. Taip pat restauruoti istoriniai angokraščių, langų ir durų profiliuoto tinko apvadai, salės medinės panelės ir balkonas. Pagal ikonografinę medžiagą restauruota ir atkurta švenčiausia sinagogos vieta, kurioje buvo saugomi Toros ritiniai – Aron kodešas. Pagamintos Aron kodešo detalės, lipdiniai, restauruoti laiptai. Restauravimo darbų projekto autorė – Saulutė Domanskienė, darbus atliko UAB „Vilniaus restauratoriai“.

Departamento direktorės Dianos Varnaitės teigimu, naujam gyvenimui yra prikeltas dar vienas istorinis pastatas, liudijantis Joniškyje gyvenusių ir kūrusių Lietuvos bendrapiliečių žydų istoriją ir atmintį, brangią visai Lietuvai. Departamento vadovė pažymi, jog „ši sinagoga išskirtinė ne tik todėl, kad priklauso vienam iš retai pasitaikančių sinagogų kompleksų, bet ir todėl, kad net ir nesutvarkyta būrė bendruomenę, čia pagal išgales vyko įvairūs renginiai, ypatingo susidomėjimo sulaukė džiazo virtuozų koncertai. Ir nebaigta Sinagoga buvo reikšminga miesto kultūros dalimi, o jos tvarkymas rūpėjo visai Joniškio bendruomenei“.

Raudonoji sinagoga priklauso Joniškio sinagogų kompleksui. XIX a. pabaigoje maždaug pusė Joniškio gyventojų buvo žydai, tuo laikotarpiu pastatyta ir Raudonoji sinagoga. Tiesa, 1911 m. Sinagoga sudegė per gaisrą, tačiau netrukus buvo atstatyta. Sovietmečiu pastato paskirtis dažnai keitėsi: jame buvo įkurta liejykla, jaunimo klubas, butai. Šiuo metu Sinagoga atstatyta ir restauruota, pritaikyta kultūros reikmėms, veiklą joje vystys Istorijos ir kultūros muziejus. Raudonojoje sinagogoje veiks nuolatinės ekspozicijos, Baltoji sinagoga bus skirta reprezentacinei veiklai, koncertams, parodoms. Baltosios sinagogos išorė restauruota Departamento ir Joniškio r. savivaldybės lėšomis, o pritaikymas reprezentacinėms reikmėms bus finansuojamas EEE ir Norvegijos finansinio mechanizmo programos dėka. 2016 m. bus sutvarkytas visas dviejų sinagogų kompleksas su aplinka. Tokiu būdu Joniškio mieste bus suformuota nauja patraukli kultūrinė erdvė, kartu atskleidžiant ir aktualizuojant vietos žydų bendruomenės ir miesto praeitį.