Klaipėdos universiteto Baltijos pajūrio aplinkos tyrimų ir planavimo instituto parengtoje Juodkrantės uosto Kuršių marių pakrantėje įrengimo poveikio aplinkai vertinimo ataskaitoje buvo išnagrinėtos kelios jachtų uosto įrengimo alternatyvos: centrinėje gyvenvietės dalyje prie esamo keleivinių laivų uosto; šiaurinėje gyvenvietės dalyje prie Gintaro įlankos; pietinėje gyvenvietės dalyje prie poilsio namų „Ąžuolynas“, rašoma Neringos savivaldybės pranešime.

Naujoji Juodkrantės keleivinių laivų uosto prieplaukos marina (teritorija) projektuojama į šiaurę nuo esamos keleivinių laivų prieplaukos, abi prieplaukas skiria akvatorija. Naujoji marina kuriama kaip sala, kurios apimtis analogiška esamai keleivinių laivų prieplaukai. Uosto akvatorija formuojama lenkta molo linija, o tai sudaro natūralesnę ir vaizdingesnę kranto liniją. Marina projektuojama naujų statinių kvartalo fone, tad projektuojamas Keleivinių laivų uosto pastatas neužstos vertingiausių senųjų Juodkrantės gyvenvietės pastatų. Esamos prieplaukos krantinės rekonstruojamos įrengiant papildomą infrastruktūrą bei tyrimais nustatytoje vietoje atkuriant-atstatant keleivinių laivų uosto senosios prieplaukos pastatą. Kuriama ne tik uostui reikalinga infrastruktūra, bet atvira visuomeninė erdvė su želdynais bei rekreaciniais aplinkos elementais, kur prerogatyva teikiama natūralioms krantinių dangų medžiagoms - medžiui, akmeniui.

Projektuojamas Juodkrantės keleivinių laivų uostas yra prie valstybinės reikšmės vidaus vandenų kelio Klaipėda – Nida (tarptautinės reikšmės vidaus vandenų kelio E41 dalis). Siekiant užtikrinti vandens viešojo transporto pilnavertiškumo funkcionavimo galimybes numatoma sujungti Nidos, Juodkrantės, Preilos, Pervalkos, Alksnynės, Klaipėdos, Drevernos, Ventės rago, Šilutės, Uostadvario, Rusnės uostus ir prieplaukas reguliariu viešojo vandens transporto maršrutu.

Suprojektuota laivų uosto aptarnavimo infrastruktūra, stacionarus slipas laivų nuleidimui į vandenį nuo priekabų, vieta mobiliam laivų iškėlimo kranui (numatytos alternatyvos), laivų uosto aptarnavimo infrastruktūra.

Keleivinių laivų uosto pastatas formuojamas iš dviejų dalių: tradicinio didelio žvejų namo - Keleivinių laivų uosto pastato ir sprendiniams ypač aktualaus, konceptualiojo marių pusės silueto „kopų“ - terasos, kurios matomos iš praplaukiančių laivų ir nuo kurių žvelgiama į tolius.