Muziejaus darbuotojai renka, saugo, restauruoja, tiria, eksponuoja bei populiarina Žemaitijos materialinės ir dvasinės kultūros, gamtos objektus, rengia įvairias ekspedicijas, šventes, plėtoja edukacinę veiklą.

2023 m. gruodžio mėnesį Kultūros paveldo departamento prie Kultūros ministerijos paskirta Tvarkybos darbų priėmimo komisija priėmė muziejuje atliktus tvarkybos darbus: fasadų mūro remonto, šilumos prietaisų (radiatorių) restauravimo, parketo, langų, langų metalinių grotelių restauravimo, kritulių nuvedimo sistemos, stogelio virš pagrindiniu įėjimu remonto, kvėpuojančios nuogrindos įrengimo darbus. Pastato tvarkybos darbus atliko UAB „Infes“. Tvarkybos darbai atlikti pagal UAB „Enero” (proj. vadovas Vaidas Grinčelaitis) parengtą Žemaičių muziejaus „Alka” tvarkybos darbų (restauravimo, remonto) projektą.

Muziejaus pastatas – valstybės saugomas kultūros paveldo objektas, stovintis vaizdingoje vietoje ant kalno, vakariniame Masčio ežero krante. Muziejų 1932 m. vasario 16 d. įkūrė Žemaičių senovės mėgėjų draugija „Alka“, susirūpinusi, kad daugelis eksponatų iš Žemaitijos iškeliauja į kitus Lietuvos muziejus, privačių kolekcininkų rankas arba paprasčiausiai sunyksta. Steigėjai – poetas Pranas Genys, Telšių apskrities viršininkas Eugenijus Šalkauskas, kunigas Antanas Juozapavičius, gydytojas Jonas Mikulskis.

Pagrindas buvo padėtas jau 1924–1925 m., kai Telšių mokytojų seminarijoje buvo pradėti rinkti eksponatai. Iš pradžių Žemaičių kraštotyros muziejus veikė išnuomoto medinio namo trijuose kambariuose Birutės gatvėje. Muziejaus direktorium buvo paskirtas telšiškis P. Genys. Medinis pastatas dėl gaisro grėsmės muziejui nelabai tiko, o ir buvo atokiau nuo miesto centro, todėl jau tų pačių metų spalį buvo perkeltas į Prezidento A. Smetonos (dabar Respublikos) gatvėje esantį mūrinį namą (užėmė keturis pirmojo aukšto kambarius).

Daugėjant eksponatų, Senovės mylėtojų draugija „Alka“ 1933 m. pradėjo rinkti aukas muziejui ant Žaliojo kalno statyti. 1934 m. Telšių apskrities savivaldybė pritarė sumanymui. Architektas Steponas Stulginskis nemokamai parengė modernizmo stiliaus pastato projektą. Buvusio Dirkstelių dvaro žemę savivaldybė skyrė muziejui statyti. Draugijai surinkus dalį lėšų, dalį skyrė ir savivaldybė. Aukojo ne tik žemaičiai. Kadangi statybos planai buvo plačiai išreklamuoti, aukojo visos Lietuvos žmonės. Kaip yra rašiusi istorikė Janina Bucevičė, aukota įvairiai, pagal išgales: nuo 20 centų iki kelių tūkstančių litų. Pavyzdžiui, bendrovė „Maistas“ paaukojo 2 000 Lt, šiauliškis advokatas Kazimieras Venclauskis – 500 Lt, gen. Povilas Plechavičius – 149 Lt, Lietuvos ambasadorius Jungtinėse Amerikos Valstijose Povilas Žadeikis – 250 Lt, užsienio reikalų ministras Stasys Lozoraitis – 20 Lt, o užsienio reikalų ministerijos tarnautojai suaukojo 95 Lt.

Kai kurios įmonės veltui suteikė muziejaus statybai savo gamintos produkcijos: pavyzdžiui, broliai Juozas ir Jonas Vailokaičiai dovanojo jiems priklausiusioje Palemono plytų ir čerpių gamykloje pagamintų čerpių muziejaus stogui uždengti, atsiųsdami užsakytas čerpes, bet nepateikdami sąskaitos. Siraičių dvaro savininkas dailininkas Leopoldas Andrijauskas dovanojo medienos, žvyro, Džiuginėnų dvaro savininkė Jadvyga Perkovskaitė rėmė akmenimis, piniginėmis aukomis.

1936 m. pradėjus statybas, muziejus baigtas statyti 1940 m., bet lankytojams buvo atvertas dar tebestatomas 1938 m. rugsėjo 1 d., minint Lietuvos nepriklausomybės dvidešimtmetį. 1940 m. sausio 21 d. iš Šiaulių į „Alkos“ muziejų buvo atvežta Lietuvos dailininkų sąjungos organizuota 150 meno kūrinių paroda. 1940 metų gegužę muziejuje jau atidarytos net trys parodos: respublikinė filatelijos, Žemaičių dailininkų darbų ir muziejaus rinkinių. Žemaičių muziejus „Alka“ – tarpukario Lietuvos simbolis, o taip pat ir tarpukario modernizmo vienas iš pavyzdžių.

Pastato architektūra pasižymėjo funkcionalumu. Optiškai pastatą aukštino vertikali bokšto langų juosta. Muziejaus pastate įrengta 18 ekspozicijos salių, saugyklos, darbo ir pagalbinės patalpos. Dėl lėšų stokos projektas nebuvo pilnai įgyvendintas. Sovietams okupavus Lietuvą, Senovės mylėtojų draugija „Alka“ uždrausta, muziejus nacionalizuotas. 1948-1988 m. vadinosi Telšių kraštotyros muziejumi. 1988 m. spalio 30 d. muziejus susigrąžino senąjį Žemaičių „Alkos“ muziejaus vardą.