Sinagogos ir jos komplekso teritorijoje turėtų būti suformuotas Vilniaus Didžiosios sinagogos memorialinis skveras, kuriame atsiras ir Žydų bendruomenės centras, pasakosiantis apie Didžiąją sinagogą ir plačiajai visuomenei.

„Daugelis vilniečių žino, kodėl Vilnius vadintas Šiaurės Jeruzale. Žydų dvasingumo ir mokslo istoriją šiandien mena išblukę hebrajiški užrašai ant buvusio Vilniaus geto pastatų, atminimo lentos ir paminklai. Sutarėme, kaip sovietų sunaikintos Didžiosios sinagogos vietoje sukursime naują traukos centrą lietuviams ir užsieniečiams", – sako Vilniaus meras Remigijus Šimašius.

Vilniaus Didžiosios sinagogos vietos archeologiniai tyrinėjimai pradėti 2011-aisiais. Atlikdami kasinėjimus, archeologai aptiko itin svarbias sakyklos (bimos) dalis – 2 kolonų pagrindus, dviejų mikvių (ritualinių baseinų) vietos, didžiulę išorinę galinę Didžiosios sinagogos sieną, dalį Sinagogos grindų. Taip pat aptikti ant sienų šalia bimos anksčiau buvę iškalti užrašai su nuorodomis į Senąjį Testamentą – viename minimi žmonės ir cituojama Pradžios knyga, kitame – eilės iš religinių giesmių.

Tiksli Vilniaus Didžiosios sinagogos pastatymo data nėra žinoma. Istorikai mano, kad ji buvo pastatyta po 1633 metų Vladislovui IV Vazai suteikus žydams privilegiją įkurti kvartalą Vilniuje. Sinagogos architektas nėra žinomas.

Vilniaus Didžioji sinagoga buvo viena didžiausių žydų religinių institucijų Rytų Europoje. Ji garsėjo kaip svarbus žydų dvasinis ir švietimo centras, suteikęs Vilniui Šiaurės Jeruzalės vardą. Sinagoga buvo 25 m ilgio, 22,3 m pločio ir 12,1 m aukščio. Dar 2 metrus buvo įleista į žemę. Teigiama, kad šie žydų maldos namai savo dydžiu ir puošnumu pranoko visas Abiejų Tautų Respublikoje pastatytas sinagogas. Kai kurie istorijos šaltiniai teigia, kad joje tilpdavo iki 5000 žmonių.

Per Antrąjį pasaulinį karą Didžioji sinagoga ir kiti komplekso pastatai stipriai apgriauti. 1955–1957 m. pastatų liekanos sulygintos su žeme. 1964 m. Didžiosios sinagogos vietoje buvo pastatytas vaikų lopšelis-darželis.