Naudodamos Nuotekų tvarkymo informacinę sistemą kontroliuojančios institucijos galės spręsti apie tinkamą nuotekų valymo įrenginio priežiūrą. Nuotekų vežėjai šioje informacinėje sistemoje turės fiksuoti nuotekų paėmimo faktą, vietą, paimtų nuotekų tipą ir jų perdavimą iš visų tipų nuotekų valymo įrenginių nuotekų tvarkymo įmonėms, o nuotekų tvarkytojai turės patvirtinti paimtų nuotekų kiekį ir tipą.

Valstybinės aplinkos apsaugos kontrolės pareigūnai, pasinaudodami Nuotekų tvarkymo informacinėje sistemoje kaupiama informacija, galės tirti aplinkosauginius, žalos gamtai klausimus. Savivaldos institucijos kartu su jų įsteigtomis nuotekų tvarkymo įmonėmis informacinėje sistemoje taip pat galės matyti rizikingas vietas ir laiku imtis prevencinių veiksmų suvaldyti potencialius taršos šaltinius.

Sukūrus šią informacinę sistemą bus užkardyti atvejai, kuomet nelegalūs nuotekų vežėjai arba privatūs asmenys nuotekas išleidžia tam neskirtose vietose arba į šalia esantį vandens telkinį, atsiras galimybė kontroliuoti, ar įrenginiuose nuotekos išvalomos pagal teisinį reglamentavimą ir įrenginio dokumentuose nurodytą išvalymo lygį, bus galima teikti reikiamus duomenis apie individualias nuotekų tvarkymo sistemas Europos Komisijai.

Pradėjus veikti sistemai biologinio valymo įrenginių, taip pat septikų savininkai privalės tirti į aplinką išleidžiamų nuotekų kokybę ne rečiau kaip vieną kartą per kalendorinius metus. Tai padės užtikrinti, kad nuotekos, išleidžiamos į aplinką, būtų išvalomos tinkamai.