Alytaus sinagogos pastato tvarkybos (konservavimo, remonto, restauravimo ir avarijos grėsmės pašalinimo) ir kapitalinio remonto darbus atliko UAB „Ekodora“. Be pagrindinių konservavimo ir restauravimo darbų, pastate įrengta žaibosaugos sistema, atlikti kapitalinio remonto bei pritaikymo darbai: pirmajame aukšte įrengtas tambūras, vestibiulis, laiptinė, koridorius, moterų WC, neįgaliųjų ir vyrų WC, techninė patalpa, keltuvas neįgaliesiems. Antrajame ir trečiajame aukštuose įrengtos pagalbinės ir techninės patalpos. Pastatas pritaikytas neįgaliųjų reikmėms. Ilgai trukę tvarkybos darbai technologiškai buvo sudėtingi, nes pastato būklė buvo itin bloga.

Sienų tapybos restauratorių komandai vadovavo A. Kaušinienė, konservavimo ir restauravimo darbus atliko restauratorės Aušra Gervienė, Vita Gaidelytė, Audronė Kaušinienė, Viktorija Siverskaja, Gabrielė Venskutė, Jolita Juknelevičienė, Giedrė Molytė.

Restauruota sinagoga perduota Alytaus kraštotyros muziejui. 

Nepaisant ilgalaikės nepriežiūros ir netinkamų laikymo sąlygų, pirminė sinagogos išvaizda išliko beveik nepakitusi, dalijasi KPD. Pastatas kompaktiško vientiso tūrio, vieno ir dviejų aukštų, sumūrytas iš geltonų ir raudonų plytų, netinkuotas, dengtas dvišlaičiu stogu. Šiaurės ir pietų fasaduose aiškiai matomos vienaukštė ir dviaukštė dalys, atskirtos piliastru. Pastogę juosia puošnus karnizas. Vienaukštėse fasado dalyse dominuoja keturi dideli smailėjančios arkos formos langai su apvadais. Dviaukštės dalys siauros, aukštus skiria tarpaukštinė trauka. Langai nedideli, su segmentinėmis sąramomis, dekoruoti apvadais.

Šiaurės fasadas išliko beveik nepakeistas, jame mažiausiai pertvarkymų ir daugiausiai autentiškų elementų. Labiausiai sužalotas pietinis fasadas. Vienaukštėje dalyje vieno lango vietoje sovietmečiu iškirsta plati stačiakampė vartų anga. Dviaukštės dalies angos užmūrytos, sienos plokštumoje įžiūrimos tik antro aukšto segmentinių arkinių angų žymės. Ties pietiniu fasadu labai pakilęs grunto lygis, beveik iki vienaukštės dalies langų apačios.

Sinagogos pastato tvarkybos darbų projekto sprendiniais, kaip rašoma KPD pranešime, siekta atkurti pastato erdvių pirminę planinę erdvinę struktūrą, restauruoti ir remontuoti pastato fasadus, atkuriant prarastas jų dalis ir elementus, konservuoti, restauruoti ir eksponuoti vertingiausius vidaus dekoro ir įrangos elementus: pagrindinės maldų salės polichrominį dekorą, pažymint aron hakodešo vietą, bimos aikštelę, moterų galerijos sienų trafaretinio dekoro fragmentus. Įgyvendinant projektą, demontuotos pokarinės pertvaros ir užmūrijimai. Atidengtos autentiškos angos, restauruoti angokraščiai. Pastato vidaus pirminei planinei struktūrai labai reikšminga skersinė siena, skirianti pagrindinę maldų salę nuo moterų galerijos. Atkurtos dvylikos arkinių langų angos antrajame aukšte, pirmajame atidengtos šoninių durų angos, centrinių durų angoje atkurta segmentinė sąrama. Restauruota ir sustiprinta pagrindinės maldų salės perdanga. Atkurta medinė stogo konstrukcija ir cinkuotos skardos danga, įrengta lietaus nuvedimo sistema, apskardintos frontonų centrinės dalys, palangės.

Sudėtingas buvo fasadų mūrinių architektūrinių elementų remontas bei restauravimas, atkuriant prarastas jų dalis ir sugrąžinant pirmines formas. Pastato langai ir durys atkurti pagal išlikusius autentiškus gaminių fragmentus. Nukasus sluoksnį grunto, sugrąžintas pirminis žemės paviršiaus lygis prie pietinio fasado. Daug rūpesčių kėlė apatinės dalies fasadų mūro nudruskinimas (sinagogoje kurį laiką sandėliuota druska) ir išdžiovinimas. Vėliau buvo atliktas lauko sienų stiprinimas injekuojant esamus mūro įtrūkimus, fasadų paviršių siūlių rievėjimo, pamatų ir cokolio tvarkybos darbai, įrengta nuogrinda iš lauko riedulių.

Pastato viduje restauruotos bimos kolonos – atkurtas žalsvai mėlynas atspalvis. Suremontuoti ir sustiprinti betoniniai kolonų pamatai, atkurta bimos aikštelės pakyla. Pagrindinėje salėje paklotos medžio lentų grindys, restauruotoje perdangoje atkurtas tinkas ant balanų. Įrengtos patalpos antrame aukšte, buvusioje moterų galerijoje, ir pastato pastogėje.

Alytaus sinagogos pastato sienų tapybos konservavimo ir restauravimo darbai pradėti praėjus beveik trims dešimtmečiams po tyrimų atlikimo. Per tą laiką sienų tapybos būklė dar labiau pablogėjo. Pagrindinės maldų salės sienų tapybinis dekoras panelio aukštyje ir aukščiau buvo sunaikintas druskų. Sienų plokštumose išlikęs tapybos sluoksnis buvo avarinės būklės, nestabilus, sutrūkinėjęs, lukštenosi, pačiose sienose - daug mechaninių tinko pažeidimų, plyšių. Atliekant Alytaus sinagogos sieninės tapybos konservavimo darbus paaiškėjo, kad po antro etapo aliejine tapyba (1911 m.) yra daug kur išlikęs pirmo etapo tapybinis dekoras. Pirminiame etape (XIXa. pab.) maldų salės sienų frizas buvo ištapytas stilizuotomis augalinėmis girliandomis, sienos dekoruotos marmurą imituojančiomis melsvų, žalsvų atspalvių plokštėmis, kurias skaidė piliastrai. Rytinės sienos centre išlikę aron hakodešo dekoro fragmentai. Technologiškai tike pirmojo, tiek antrojo etapo tapybos sluoksnio konservavimo ir restauravimo darbai buvo labai sudėtingi. Kruopščiai restauruota Alytaus sinagogos sienų tapyba atskleidė tapybinio dekoro meistriškumą ir subtilų puošnumą, leido suprasti interjero dekoro sistemos prasminius ir simbolinius akcentus, įgalino nors iš dalies atverti ir pilnatviškiau suvokti buvusių žydų maldos namų vidaus erdvių sakralumą.

Projekto vykdymą administravo Kultūros infrastruktūros centras. Centro duomenimis, Alytaus sinagogos tvarkymo darbai kainavo daugiau kaip 1 mln. eurų: LR kultūros ministerija skyrė 206 056,00 eurus Europos Sąjungos lėšų, 238 504,16 euro pridėjo pati Alytaus miesto savivaldybė, 584 200,00 eurų skirta iš Paveldotvarkos programos lėšų (apie 55 proc. išlaidų sudarė tvarkybos darbai, 45 proc. Lėšų skirta kapitaliniam remontui ir įveiklinimo poreikiams). 

Pagal KPD informaciją