Varnių kunigų seminarijos pastatas yra nacionalinio lygmens kultūros paveldo objektas, paskelbtas paminklu. Nuo 1999 m. jame veikia Žemaičių vyskupystės muziejus, nuo 2015 m. tapęs Žemaičių muziejaus „Alka“ padaliniu.

Paveldo tvarkybos darbai, kurie yra sudėtinė projekto dalis, jau baigti: pagal išlikusių autentiškų keraminių plytų grindų raštą rūsyje išklotos grindys iš klinkerio, pagal vidaus patalpų durų tipą pagamintos ir sumontuotos analogiško piešinio įsprūdinės durys, baigtas skliautų, sienų ir angokraščių tinkuotų paviršių remontas, atlikta plytų mūro sienų, skliautų tvarkyba. Pirmajame pastato aukšte atlikti plytų mūro skliautų atodangų ir autentiško tinko atodangų konservavimo darbai, antrajame aukšte konservuotos autentiško tinko atodangos – durų angos apvadas, išsaugota išlikusi sienų tapyba. Be vidaus darbų atlikta fasadų paviršių tinko tvarkyba, sena varpinės stogo skarda pakeista į vario skardą, pakeisti langai į naujus, atitinkančius autentiką, jų skaidymą, furnitūrą.

Svarbu, rašoma KPD pranešime, kad istoriniame pastate yra atkurtas seminarijos laikotarpio patalpų planas, išryškinti abu varpinės bokšto tūriai, juose įrengtos patogios laiptinės, apžvalgos balkonai, suformuota erdvė keturių naujų laisvai siūbuojančių varpų įkurdinimui viršutiniame varpinės tūryje. Konservuota vidaus patalpose matoma sieninė aliejinė tapyba, paauksuota bokšto kryžiaus sfera. Kaip teigė „Alkos“ muziejaus komunikacijos specialistė Donata Kazlauskienė, tikimasi, kad po rekonstrukcijos, ekspozicijų atnaujinimo kartu su gaudžiančių varpų skambesiu, istoriniais pasakojimais visuomenė naujai atras sakralinio paveldo ištakas liudijantį muziejų, pripildytą autentiškos kultūrinės dvasios. Pasak D. Kazlauskienės, šiuo metu yra įgyvendinta 93 proc. visų projekte numatytų rangos darbų (dar nebaigta tvarkyti aplinka, yra likę vidaus apdailos darbų).

Nors muziejaus pastatas su pertraukomis buvo restauruojamas nuo 1991 iki 2004 m., per tą laiką buvo atstatytas varpinės bokštas, atkurta stogų forma, suformuota pastogės erdvė, įstatyta dalis durų, langai, tačiau jie neatitiko minimalių šiandieninių šiluminės varžos reikalavimų. Fasadų cokolinė dalis buvo pažeista drėgmės, dideli tinko plotai, kai kur ir su plytų mūro fragmentais, buvo atšokę ar nubyrėję. Iki 2021 m. pilnai nebuvo įrengta nė viena pastato dalis. Lankytojams aptarnauti naudotas tik pietinio korpuso pirmas aukštas bei bokšto salė antrame aukšte, kur patekti buvo galima pro nebaigtą tvarkyti laiptinę. Nepakako ir elektrinio šildymo muziejuje, kuris veikė tik pietiniame korpuse: patalpose būdavo šalta, prastas mikroklimatas. Dabar įvestas geoterminis šildymas, įrengta vertikali pamatų hidroizoliacija turėtų žymiai pagerinti pastato būklę. Žmonėms su negalia įrengtas liftas.

Siekiant sutvarkyti buvusios Varnių kunigų seminarijos pastatą, dar 2014 m. buvo pabaigti rengti du techniniai projektai (varpinės bokšto ir paveldinės pastato dalies). 2020 m. projektas koreguotas, apjungiant jį į bendrą bei papildant naujomis dalimis. Tvarkybos darbai pradėti vykdyti 2021 m. rugsėjį pagal architektės Marijos Nemunienės parengtą tvarkybos darbų projektą. Darbai finansuoti Kultūros ministerijos ir Europos Sąjungos struktūrinių fondų lėšomis. Tvarkybos darbus vykdė generalinis rangovas UAB „Infe“, subrangovas UAB „Telšių meistras“.

Iki 2023 m. vasaros planuojama lankytojams pritaikyti Žemaičių vyskupystės muziejaus pastatą, įrengti modernias ekspozicijas. Muziejuje bus organizuojamos kūrybinės dirbtuvės, apžvalgos ekskursijoms pritaikytas varpinės bokštas. Rekonstruojant šį pastatą 2021 m. rūsiuose atkastos senos, maždaug XV-XVII a. Varnių kapinaitės su žmonių palaikais. Tai archeologams, paveldo specialistams buvo žinoma seniai.