Pasak V. Vilkišiaus, vertingiausi sinagogos pastato bruožai nulemti jo, kaip buvusių žydų maldos namų, paskirties. Tai būdingas patalpų išdėstymas, fasadų architektūra ir pagrindinės salės interjeras. Rengiant tvarkybos darbų projektą buvo siekta išsaugoti ir išryškinti šias pastato savybes. Tai buvo svarbiausi projekto uždaviniai.

Sinagogos tvarkybos darbai prasidėjo 2016 metais. Jie buvo patikėti UAB „Ekodora“. Bendrovės laukė ilgas darbų sąrašas, reikėjo tvarkyti ir fasadus, ir pastato vidų. Teko atkurti svarbiausių statinio erdvių pirminį planą – buvusią Didžiąją maldų salę, antrojo aukšto Moterų galeriją ir šias patalpas skiriančią sieną su charakteringu vidaus langu, arkada, simetriškomis durų angomis ir nišomis, restauruoti autentišką Didžiosios maldų salės perdangą.

Sutvarkytas ne tik pats pastatas – restauruoti ir konservuoti vidaus dekoro bei įrangos elementai: Didžiosios maldų salės polichrominis dekoras, pažymėta „aron – hakondešo“ (faros ritinėlių saugykla) ir „bimos“ (tribūna, iš kurios skaitomas Šventasis Raštas) aikštelė, Moterų galerijos sienų trafaretinio dekoro fragmentai.

Ir tai – tik maža dalis visų padarytų darbų, kurių rezultatas – išsaugotas ir naujam gyvenimui prikeltas sinagogos pastatas.

„Visas tvarkybos procesas buvo sudėtingas, nes kiekviename žingsnyje susidūrėme su iššūkiais. Tačiau turbūt didžiausias tekęs iššūkis – atkurti vidaus tapybą, nes buvo atsilaupę keli tapybiniai aliejinių dažų sluoksniai. Būtų užtekę, kad kažkas neatsargiai perbrauktų ranka, ir viskas nutrupėtų. Mums pavyko atlankstyti kiekvieną atplaišėlę, ją priklijuoti, restauruoti“, – apie daug atidumo ir kruopštumo pareikalavusius darbus pasakojo Remigijus Indriulionis, UAB „Ekodora“ direktorius, cituojamas KIC pranešime.

Į praeivius Alytaus sinagogos pastatas dabar žvelgia restauruotais, sutvarkytais fasadais, su atkurtomis prarastomis dalimis ir elementais. Jos tvarkybos darbai artėja prie pabaigos. Pasak R. Indriulionio, „dar keli smulkūs potėpiai, ir bus viskas“.

Visi Alytaus sinagogos tvarkymo darbai kainavo daugiau kaip 1 mln. eurų: LR kultūros ministerija skyrė 206 056,00 eurus Europos Sąjungos lėšų, 238 504,16 euro pridėjo pati Alytaus miesto savivaldybė, 584 200,00 eurų skirta iš Paveldotvarkos programos lėšų.

Sinagogoje įsikurs Alytaus muziejaus padalinys, veiks nuolatinė ekspozicija apie Alytaus žydų gyvenimą, o kitos erdvės bus naudojamos renginiams ir parodoms.