Senieji Pilininko namo fasadai neišliko, o dabartinė jų būklė bloga. Iš XIX amžiaus remonto planų, kuomet pastatas buvo pritaikomas kareivinės sandėliams, atlikus architektūros natūrinius tyrimus, paaiškėjo, kad dalis durų ir langų angų buvo perdarytos, perstumdytos, jų išdėstymas neatitinka skliautų. Vidaus apdaila, inžineriniai tinklai pasenę, susidėvėję, neatitinka būsimos pastato paskirties poreikių, gaisrinės saugos ir higienos reikalavimų, dalijasi įmonė. Projektuojant buvo ieškoma galimybių Pilininko namą pritaikyti viešam naudojimui, išsaugant tai, kas yra vertingiausia.

Doc. dr. Birutės Rūtos Vitkauskienės, atlikusios Pilininko namo istorinius tyrimus, teigimu, Pilininko namas su keturiais atskirais įėjimais į keturis rūsius – unikalus Lietuvos XVI-XVII a. pilių paminklas.

Nors pastate bus atliekama nauja vidaus apdaila, tačiau taip pat bus atidengiamos Kultūros vertybe pripažintos medinės pastato perdangų konstrukcijos. Viskas projektuota taip, kad vertingosios pastato savybės išliktų, būtų matomos.

Pastato tvarkybos darbų projekte numatytas Pilininko namo stogo konstrukcijos remontas. Tai leis palėpėje įrengti naujas patalpas.

Suprojektuota ir laiptinė, kuri ves į naujai formuojamą rūsį bei mansardą. Taip pat suplanuota įrengti keltuvą, kuris kels nuo rūsio iki palėpės ir sustos kiekviename aukšte. Planuojama, kad pastate bus įrengtos naujos inžinerinės, vėdinimo, šildymo, gesinimo, apsaugos ir ryšių sistemos, sanitariniai mazgai.

Nebus pamirštos, kaip praneša įmonė, ir Pilininko namo prieigos. Šiuo metu erdvė prieš namą nėra vienodo reljefo, betoninės trinkelės yra susidėvėjusios, dangoje yra atsiradusių iškilimų, įdubimų. Pagal naujus sprendinius, atsiras terasa, priešais namą – nauja granito trinkelių danga, kiemo erdvėje bus įrengiama skaldos su plastikiniu koriu danga, planuojama pakeisti takų ir priėjimo kelių dangas, bus naujai suformuotos žaliosios zonos, po darbų atstatyta veja. Visi žemės tvarkymo bus vykdomi archeologui prižiūrint. 

Po rekonstrukcijos bei tvarkybos darbų Pilininko namas taps kultūros erdve, pritaikyta muziejinei veiklai.